ο Σουλτάνος, υπό την πίεση ακραίων μουσουλμανικών διαδηλώσεων κατά των Ελλήνων, ζήτησε από τον Σεϊχουλισλάμη Χατζή Χαλίλ να εκδώσει διαταγή (φετφά), σχετικά με τη γενική σφαγή των Ελλήνων της Κωνσταντινούπολης. Ο Χατζή Χαλίλ, ύστερα από διαβουλεύσεις με τον Γρηγόριο, ο οποίος του ξεκαθάρισε πως ο ίδιος και το Γένος ήταν αμέτοχοι στην επανάσταση, και βασιζόμενος σε ένα εδάφιο του Κορανίου,
αρνήθηκε να εκδώσει τη φετφά τoυ Σουλτάνου, ο οποίος εξοργισμένος τον τιμώρησε με θάνατο και θεώρησε υπεύθυνο και τον Γρηγόριο Ε'.
Mετά τη λειτουργία του Πάσχα (10 Απριλίου 1821) ο Γρηγόριος
συνελήφθη, κηρύχθηκε έκπτωτος και φυλακίστηκε. Το απόγευμα της ίδιας μέρας
απαγχονίστηκε στην κεντρική πύλη του Πατριαρχείου, όπου παρέμεινε κρεμασμένος
για τρεις ημέρες, εξευτελιζόμενος από τον όχλο.
Η κεντρική πύλη του Πατριαρχείου, όπου απαγχονίστηκε οΓρηγόριος Ε΄, παραμένει κλειστή και σφραγισμένη μέχρι και σήμερα, σε ένδειξη
τιμής. Στο Πατριαρχείο εισέρχεται κανείς έκτοτε μόνο από τις πλάγιες πύλες.