Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας διέμεναν οι λουβιάρηδες, ηγούν αυτοί που ήταν μολυσμένοι, από τη λέπρα «ιερά νόσο» των Βυζαντινών, ή όπως αλλιώς τη λέγανε οι Σαντορινιοί «Λούβα ή Φάουσα». Τα Λουβιάρικα της Σαντορίνης είναι το μοναδικό στον κόσμο υπόσκαφο Λεπροκομείο και λειτούργησε μέχρι το 1930 σε υπόσκαφα χτίσματα στην Καλντέρα κάτω από το ξωκλήσι του αη Γιάννη του Ελεήμονα.
Η ιδιαιτερότητα των καταλυμάτων δεν πήγαζε από προκατάληψη κατά των ασθενών, αφού η αρχιτεκτονική του νησιού στηρίζεται στα υπόσκαφα κτίσματα και επειδή την ίδια εποχή η κοινωνική κατάσταση ήταν φεουδαρχικής δομής, δηλαδή όλοι οι άκληροι αγρότες ζούσαν σε υπόσκαφα με μόνο εισόδημα ότι η φιλανθρωπία του αφεντικού προσέφερε.
Τα λεπροκομεία ιδρύθηκαν στην Ευρώπη από το 12ο αιώνα και πήραν στη μεν Δύση τη μορφή απάνθρωπων γκέτο, στο δε Βυζάντιο λειτούργησαν μεν σαν χώροι απομόνωσης αλλά παρείχαν στοιχειώδη περίθαλψη πχ Βασιλειάδα.
Τα Λουβιάρικα της Σαντορίνης ιδρύθηκαν πριν από τον 18ο αιώνα κατά τα Βυζαντινά πρότυπα, διότι αφ’ ενός μεν τα αρχεία της καθολικής παροικίας του νησιού δεν αναφέρουν κάτι σχετικό κατα την περίοδο της Φραγκοκρατίας και αφ’ ετέρου διότι όπως φαίνεται από τα έγγραφα της Σταυροπηγιακής Μονής του Προφήτου Ηλιού και από προφορικές μαρτυρίες η σχέση της Μονής με το Λεπροκομείο θυμίζει την οργάνωση άλλων τέτοιων Βυζαντινών λεπροκομείων πχ της Μονής Ιβήρων. Από έγγραφα της Μονής Προφήτη Ηλία φαίνεται ότι το Λεπροκομείο λειτουργούσε σαν ίδρυμα που «παρείχε διατροφή και λοιπήν οικονομία προς τους εν αυτώ λεπρούς».
Από το 1840 αμέσως μετά την Απελευθέρωση σώζεται έγγραφο, όπου ο πρώτος Διοικητής Θήρας Ν. Α. Τσαμαδός συγχαίρει τη Μονή για «το φιλάνθρωπον υπέρ του Λεπροκομείου ζήλον της». Από τον ίδιο χρόνο φαίνεται σε έγγραφα ότι η Μονή κατέβαλε στο Ελληνικό Δημόσιο κατ’ έτος 300 δρχ από το 1840 για τα έξοδα λειτουργίας του Λεπροκομείου.
Από την εποχή της Τουρκοκρατίας ήδη υπάρχουν έγγραφα που αποδεικνύουν ότι κάθε δήμος ψήφιζε ιδιαίτερο κονδύλι για το Λεπροκομείο, ενώ από το Ληξιαρχείο βλέπουμε ότι πολλοί πλούσιοι στις διαθήκες τους κληροδοτούσαν ποσά για τη λειτουργία του. Σημαντικό παράδειγμα ο έμπορος Ιωάννης Αλεξάκης, ο οποίος όχι μόνο κληροδότησε, αλλά και όπως φαίνεται από τα έντυπα της εποχής «αυτός διηύθυνε, αυτός κατά το πλείστον συνετήρει και κατά τα περισσότερα έτη συνετήρει εξ ιδίων και παρείχεν πάντα όλα τα δυνατά μέσα εις τους δύσμοιρους τροφίμους.»
Όπως φαίνεται σε στατιστική του 1850, που συνέταξε κατ’ εντολή της κυβέρνησης ο ιατροφιλόσοφος Ιωσήφ Δεκιγάλλας, το Λεπροκομείο είναι το μόνο κοινωφελές Ίδρυμα της νήσου. Ο Δεκιγαλλας σαν γιατρός έκρινε απαράδεκτες τις συνθήκες διαβίωσης των λεπρών και προσπάθησε να το οργανώσει. Για το σκοπό αυτό πούλησε τα νησιά Χριστιανά, που ήταν ιδιοκτησία του και ίδρυσε κληροδότημα με 3000 δρχ «υπέρ του αναγερθησομένου Λεπροκομείου Θήρας». Μετά τις προσπάθειές του το 1868 εμφανίζεται η ακμή του λεπροκομείου. Τη χρονιά αυτή γνωρίζουμε ότι ο Δεκιγάλλας είχε θέσει σε λειτουργία δυο λοιμοκαθαρτήρια (Λαζαρέττα) ένα στον όρμο Φηρών του οποίου τα ερείπια διασώζονται και ένα άλλο στη Απάνω Μεριά, το οποίο ανήκει στην Κοινόνητα Οίας και είχε μετατραπεί σε τουριστικό κέντρο.
Σε αυτά εξέταζε ναυτικούς, μετανάστες και κατοίκους γειτονικών νησιών που μετά τη διάγνωση διακομιζόντουσαν στο Λεπροκομείο. Συνεργάτρια του Δεκιγάλλα αναφέρεται η καθολική αδελφή Θηρεσία του Τάγματος του αγίου Βικεντίου, η οποία νοσήλευε τους λεπρούς και έμενε στα Σπιτάλια (νοσοκομείο) των Φηρών.
Σε αυτά εξέταζε ναυτικούς, μετανάστες και κατοίκους γειτονικών νησιών που μετά τη διάγνωση διακομιζόντουσαν στο Λεπροκομείο. Συνεργάτρια του Δεκιγάλλα αναφέρεται η καθολική αδελφή Θηρεσία του Τάγματος του αγίου Βικεντίου, η οποία νοσήλευε τους λεπρούς και έμενε στα Σπιτάλια (νοσοκομείο) των Φηρών.
Ο Δεκιγάλλας προσπάθησε ακόμη να κινητοποιήσει τους περιηγητές της εποχής. Στο βιβλίο «Η ζωή στον παλιό κόσμο» της σουηδής φεμινίστριας Φρεντερίκα Μπρέμερ που επισκέφθηκε το Λεπροκομείο το 1860 σώζεται μια πολύ ζωντανή περιγραφή του χώρου και των συνθηκών ζωής των λεπρών. Γράφει:
«Μετά μισή ώρα δρόμο από τα Φηρά είδαμε ένα γκρουπ 8-10 ατόμων που κρατούσαν ένα δοχείο για ελεημοσύνη. ¨ηταν καλά ντυμένοι και όχι παραμορφωμένοι. Ήταν άρρωστοι στο 1ο στάδιο. Η εμφάνισή τους δείχνει τα μεγάλα βήματα της Ιατρικής σε αυτό τον τομέα. Μπήκαν στις σπηλιές τους όταν μας είδαν. Κοιτάξαμε μέσα όπου οι πόρτες ήταν ανοιχτές. Ήταν Ιούλιος και τα δωμάτια είχαν υγρασία, όμως ήταν όλα περιποιημένα με κρεβάτια στρωμένα με σεντόνια καθαρά. Σε ένα δωμάτιο μας είπαν να μη πάμε γιατί ήταν ένας λεπρός στο τελευταίο στάδιο. Πήγα και αντίκρυσα ένα λεπρό χωρίς μάτια, μύτη ή χείλια. Όταν κατάλαβα ότι αυτός ο σκελετός ακόμη ζούσε, παρακάλεσα το γιατρό C που στεκόταν στη πόρτα να του πει ότι «Ο Χριστός θα σε αναστήσει στην άλλη ζωή». Όταν το άκουσε αυτό ο λεπρός κινήθηκε, σήκωσε τα χέρια του, που ήταν όλο αίμα και τα έβαλε στο στήθος του σταυρωμένα. Αυτή ήταν η απάντησή του επειδή δε μπορούσε να μιλήσει. Επειδή κατάλαβα ότι με άκουγε είπα στο γιατρό να τον ρωτήσει μήπως ήθελε να του προσφέρω κάτι και κείνος απάντησε με μεγάλη δυσκολία «λουκούμι». Ρώτησα και τους άλλους λεπρούς γι αυτόν και μου είπαν ότι είναι άγιος άνθρωπος, αλλά ότι θέλει να πεθάνει, ενώ είναι ευχαριστημένος που είναι έτσι, όσο το επιτρέπει ο Θεός. Το δωμάτιό του ήταν πιο άδειο και πιο φτωχικό από των άλλων και είχε μόνο ένα μπουκάλι νερό. Ο γιατρός μου είπε ότι αυτός ο άνθρωπος μπορούσε να ζήσει έτσι για ένα χρόνο ή και περισσότερο.
Στις σπηλιές ζούσαν 14 λεπροί άνδρες και γυναίκες σαν χελιδόνια. Οι πιο πολλοί δε μπορούσες να διακρίνεις ότι ήταν άρρωστοι εκτός από το ότι είχαν παραμορφωμένα χέρια. Δυο από αυτούς, ένας άνδρας και μια γυναίκα ήταν μόνο 20 ετών. Το μέλλον τους όπως και των υπόλοιπων ήταν να καταλήξουν σε ένα ζωντανό σκελετό. Αλλά κανείς δε φοβόταν για το μέλλον του ούτε παραπονιόταν για την κατάσταση. Το μόνο τους παράπονο ήταν το φαγητό που δεν ήξεραν αν θα υπάρχει κάθε μέρα ή όχι, γιατί μερικές φορές οι άνθρωποι τους ξεχνούσαν και για δυο μέρες μπορούσε να μείνουν μόνο με ψωμί.
Μου διηγήθηκαν μια φορά που φυσούσε πολύ και ανέβηκαν όλοι οι λεπροί στα Φηρά πεινασμένοι και παγωμένοι γιατί για δυο μέρες δεν είχαν φάει τίποτε. Μου είπαν ότι έπαιρναν λεφτά από μια επιτροπή στα Φηρά, αλλά ήταν πολύ λίγα και δεν έφθαναν για την αγορά τροφίμων.
Ο γιατρός C που φάνηκε να τον αγαπούν πολύ είπε πως όλα αυτά είναι αλήθεια και ότι το μέρος που ήταν χτισμένες οι σπηλιές ήταν ακατάλληλο γιατί η υγρασία επεβάρυνε την κατάστασή τους.»
Μου διηγήθηκαν μια φορά που φυσούσε πολύ και ανέβηκαν όλοι οι λεπροί στα Φηρά πεινασμένοι και παγωμένοι γιατί για δυο μέρες δεν είχαν φάει τίποτε. Μου είπαν ότι έπαιρναν λεφτά από μια επιτροπή στα Φηρά, αλλά ήταν πολύ λίγα και δεν έφθαναν για την αγορά τροφίμων.
Ο γιατρός C που φάνηκε να τον αγαπούν πολύ είπε πως όλα αυτά είναι αλήθεια και ότι το μέρος που ήταν χτισμένες οι σπηλιές ήταν ακατάλληλο γιατί η υγρασία επεβάρυνε την κατάστασή τους.»
Από προφορικές μαρτυρίες γνωρίζουμε ότι τη διανομή των τροφίμων είχαν αναλάβει φιλάνθρωπες γυναίκες. Η τροφοδοσία γινόταν με ένα καλάθι από ένα αλώνι που βρισκόταν πάνω από την εκκλησία του αγίου Ιωάννη του Ελεήμονα. Το καλάθι αυτό όπως μαθαίνουμε από μαρτυρίες περιηγητών σωζόταν μέχρι το 1956, που έγινε ο τελευταίος καταστροφικός σεισμός. Από το καλάθι έπαιρναν τα εφόδια οι υγιέστεροι λεπροί, οι οποίοοι εκτεούσαν και χρέη νοσοκόμων, που ο λαός αποκαλούσε Μόρτες (είχαν τη «γλυκαμένη» λώβα).
Οι λεπροί δεν κυκλοφορούσαν ελεύθερα. ¨οταν υπήρχε απόλυτη ανάγκη για γιατρό ή παπά, ο πιο γέρος λεπρός μπορούσε να βγει ως τα Φηρά, αλλά κρατούσε κουδούνι για να μη τον πλησιάζουν.
Η εκκλησία του αγίου Ιωάννη στο ελεήμονα ανήκε στους λεπρούς. Φέρει μέχρι σήμερα δυο χωρίσματα με εσωτερική επικοινωνία με κιγκλίδωμα. Την ημέρα της γιορτής του αγίου όλος ο κόσμος πήγαινε να συνεορτάσει με τους λεπρούς και κατά το συνήθειο του νησιού για πανηγύρια, οι γυναίκες έφερναν γλυκά και κουλουράκια για τους λεπρούς, έθιμο που επιβίωνε μέχρι που έκλεισε το λεπροκομείο. Όπως διαβάζουμε στην εφημερίδα «Σαντορίνη» του 1897 «εν τω ναίσκω συνήλθεν κόσμος φιλεόρτων και ούτω εόρτασαν και οι λεπροί μιαν ημέραν μετά του κόσμου, μεθ’ ου έχουν συνάψει διαζύγιον»
Στη λαική μνήμη διασώζεται η αξιοθαύμαστη συμπεριφορά του ιερέα Βελώνια. Όπως γράφεται στις τοπικές εφημερίδες «το εν τω ιερώ ποτηριω υπόλοιπον μετά την κοινωνιά των λεπρών, ο αείμνηστος Οικονόμος Βελώνιας εξερχόμενος του Βήματος του ναού πανηγυρικώς εξεκένωνε τούτο εις το στόμα του»
Από τις προφορικές μαρτυρίες και τις γραπτές πηγές επιβεβαιώνεται ότι τα Λουβιάρικα της Σαντορίνης, σε αντίθεση με άλλα λεπροκομεία της εποχής, αν και υπόσκαφα σε γκρεμνά, αφ’ ενός μεν επιτελούσαν τον υγειονομικό τους ρόλο, απομονώνοντας τους ασθενείς, αφ’ ετέρου ενεργοποιούσαν το κοινωνικό σύνολο για την κατά το δυνατόν καλύτερη περίθαλψη και την ανθρώπινη επικοινωνία με τους πάσχοντες. Γιαυτό θα πρέπει να πάψουν να θεωρούνται σαν ντροπή, αλλά αντίθετα πρέπει να διασωθούν γιατί αποδεικνύουν το ήθος και τον ανθρωπισμό των προγόνων μας.